El Rector(a) es el representante legal en el aspecto académico de la Institución, depende del Ministerio de Educación Nacional, tiene la responsabilidad de lograr que la Institución ofrezca los servicios educativos  adecuados para que el estudiante alcance los objetivos educacionales. De él depende el Coordinador, Personal Administrativo, Docentes,  Directores de Grupo y Estudiantes.

A partir  del  año 2007, rige  los  destinos  de  la  Institución  Educativa  Municipio  de  Funes   la Especialista  MARIANA MONTENEGRO GUERRON.